אתר ישיבה היה האתר הישיבתי השני שקם, כאשר האינטרנט עוד לא היה נפוץ כל כך בציבור הרחב. מאז ועד היום משמש האתר כמתווה דרך לעולם התורה המגיע לאינטרנט, וישיבות רבות ראו באתר מודל לחיקוי, ואף נעזרו בצוות האתר בפיתוח ובהקמת אתר משלהן. כשם ששימש לפריצת דרך בעולם התורה באינטרנט ממשיך האתר לעשות זאת, והיה אף האתר הסלולרי התורני הראשון שעלה.